कश्मीर के बारे में आयतुल्लाह ख़ामेनई अलग अलग अवसरों पर बयान दे चुके हैं और कश्मीर और वहां के लोगों से ख़ास दिलचस्पी रखते हैं। भारत सरकार की ओर से कश्मीर का विशेष दर्जा ख़त्म किए जाने के बाद वहां के ख़ास हालात के मद्देनज़र  21 अगस्त 2019 को राष्ट्रपति और मंत्रीमंडल के सदस्यों से मुलाक़ात में सुप्रीम लीडर ने कहा कि “मैं कश्मीर की स्थिति से दुखी हूं, विदेश मंत्रालय के दोस्त यहां उपस्थित हैं, सच में कश्मीर की मुसलमान जनता पर ज़ुल्म हो रहा है, वास्तव में उन पर दबाव डाला जा रहा है, वहां रहने वाले शरीफ़ लोगों के बारे में भारत सरकार की तरफ़ से एक न्यायपूर्ण नीति अपनाई जानी चाहिए। अलबत्ता भारत सरकार से हमारे संबंध, अच्छे हैं लेकिन हमें उनसे यह आशा और अपेक्षा है।“